《萌菌物语 第二季》讲述拥有用肉眼看见菌能力的少年泽木直保和青梅竹马结城萤进入农业大学所发生一连串的趣事，透过直保和其他人物的互动可以了解许多跟菌相关的知识，也因为直保的特殊能力而招惹许多事情，这次的动画中完全再现了原作里登场的100种以上细菌，一气呵成的热闹的细菌军团"酿"活动集结了CG技术的 优势，描绘了非常壮烈的视觉效果。2D，3D，写实等特效，在每集动画中的片尾都有菌剧场，本作清新可爱，搞笑的同时也轻松的介绍了很多科普知识，各种菌不仅造型超萌，而且有自己的思想，还可以说话，有的口气还十分狂妄：小心我酿了你！。
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