近未來的地球——人類因爲一種被叫做HUGE的神秘生命體的出現而面臨滅絕的危機。
世界豁各國爲對付HUGE而合作制作出決戰兵器CHARM，使用這些武器、被稱爲Lily的少女們爲保衛世界持續地戰鬥着。世界各地設立的Lily培訓機構“Garden”成爲了對抗HUGE、守護人們的據點。
在衆多的Garden當中，入讀被譽爲名門的百合丘女學院的一柳梨璃，和邂逅的夥伴們組成了一柳隊，爲執行任務而前往東京。以此爲契機，魯德比克女學院、愛倫斯基女學園、神庭女子藝術高校、禦台場女學校、相模女子高等學館，以及百合丘女學院的命運開始交錯……
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