櫻田純，一名不願上學而長期宅在家裏的中學生，熱衷于上網購物，并喜歡在購買物品後的退貨限期内退回物品。某天他收到一封奇怪的信，上面寫着“上發條還是不上發條”的選項，純在好奇心驅使下選擇了“上發條”，之後房間裏憑空出現了一隻沒有署名的神秘皮箱，裏面裝着一個非常美麗而且質感近似真人的少女人偶。使用木箱内的發條轉動背部的開關後，人偶竟像有生命般活動起來，并向純介紹自己：“我是真紅，薔薇少女的第五人偶。”這時，小醜布偶突然前來襲擊，純在在不明白怎麽回事的情況下莫名其妙地成爲了真紅的媒介，結下了主仆關系。之後，另一對結下類似契約的人類和人偶出現在純和真紅面前，被稱爲Rozen Maiden（薔薇少女） 的人偶們的戰鬥就此展開了……
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